این دانشگاه در سال 1381 از دانشگاه سیستان و بلوچستان منفک گردید و بعنوان یک مرکز آموزش عالی دریانوردی و علوم دریایی مستقل کار خود را تا سال 1384 ادامه داد و از تیر ماه سال 1384 از مرکز آموزش عالی به دانشگاه ارتقاء یافت و رشته های جدید مهندسی کشتی سازی، مهندسی الکترونیک و مخابرات دریایی و مهندسی شیلات نیز به رشته های قبلی اضافه گردید.
در حال حاضر تمام دروسی که قبلاً توسط استادان خارجی تدریس می شد اینک توسط استادان ایرانی منجمله فارغ التحصیلان ممتاز این دانشگاه که دکتری خود را با استفاده از بورس همین دانشگاه از خارج از کشور اخذ نموده اند ارائه و مدیریت می شود.
دانشگاه دارای یک مجتمع آموزشی با 680 دانش آموز متشکل از دبستان و راهنمایی غیرانتفاعی و دبیرستانهای شبانه روزی دخترانه، پسرانه و مراکز پیش دانشگاهی می باشد.
این مجتمع از سال 1370 تاکنون یکی از پایگاههای تعلیم و تعلم باکیفیت عالی در منطقه بوده که تمام دانش آموزان ورودی آن از سوم راهنمایی از طریق آزمون سراسری سازمان سنجش و آموزش کشور پذیرفته می شوند. حدود 100% از فارغ التحصیلان این مجتمع در کنکور سراسری دانشگاهها نیز قبول شده و تعدادی از اعضاء هیئت علمی فعلی دانشگاههای کشور بویژه در سطح استان (چابهار، زابل، زاهدان) و متخصصین منطقه از فارغ التحصیلان این مجتمع شبانه روزی می باشند.
این دانشگاه در حال حاضر بعنوان یکی از دانشگاههای تخصصی و قطب آموزش و پژوهش صنعت دریانوردی و علوم دریایی ایران و خاورمیانه بوده و دارای 3 دانشکده و حدود 3000 نفر دانشجو در حال تحصیل دارد